ŚFiNiA

monitor/konto_usuniete

ABIOGENZA w prawdziwym zwierciadle.

Czy dotychczasowe eksperymenty i rozważania teoretyczne przyblizyły nas choć o mały kroczek do rozwiązania tajemnicy możliwości SAMOistniego pochodznia życia ?

[link widoczny dla zalogowanych] Kompletna teoria abiogenezy powinna opisywać następujące etapy:

Powstanie pierwszych związków organicznych.
Ewolucja chemiczna, w wyniku której z prostych związków powstają polimery.
Samoorganizacja powstałych związków organicznych w replikujące się struktury.
Ewolucja biologiczna prowadząca do dzisiejszego zróżnicowania życia.
[Hopotezy abiogeniczne] można podzielić na dwie grupy: „najpierw – metabolizm”, albo: „najpierw – replikator”. Teorie Oparina, Haldane'a i Cairns-Smith'a niewątpliwie należą do pierwszej grupy. W prezentowanym artykule postawiona jest teza, że powstanie życia oznacza powstanie pierwszego replikatora – samopowielającej się cząsteczki."

„Dzisiaj człowiek, który chce być ze sobą szczery, musi przyznać, że powstanie życia zdajesię graniczyć z cudem.”

Francis Crick.

„Eksperymenty i badania dotyczące początków życia, prowadzone przez 30 lat na polu chemii i ewolucji molekularnej, doprowadziły wprawdzie do zrozumienia ważkości problemu, ale nie do jego rozwiązania.Obecnie wszelkie dyskusje o głównych teoriach i eksperymentach w tej dziedzinie albo utykają w martwym punkcie, albo kończą się przyznaniem do niewiedzy”.

[link widoczny dla zalogowanych]
"Origin of Life and Evolutionary Biochemistry"
Klaus Dose

"Nagromadzenie danych to nie jest jeszcze nauka."
— Galileo Galilei (Galileusz)

Wielkim błędem (a właściwie błędami) logicznym (i zwodzicielskim "argumentem".)
naturalistów/ewolucjonistów jest usiłowanie uzasadniena tezy o prawdziwości założenia SAMoistnego powstania żywej komórki na podstawie małej ilości obserwacji i eksperymentów: :

"Non-support": Błąd ten powstaje zawsze wtedy, gdy ktoś wyciąga jakiś wniosek na podstawie zbyt małej ilości przesłanek lub na podstawie przesłanek, które są dobrane tendencyjnie. (w powiązaniu: "Secundum quid":Błąd ten powstaje zawsze wtedy, gdy ktoś uogólnia coś na podstawie jednostkowych przypadków).

Oto przykłady: Na dowód, że w przeszłości życie mogło powstać samorzutnie, często przytaczany był [ jest] eksperyment, który Stanley Miller przeprowadził w roku 1953.

Czego dla tej sprawy dokonał Miller ?

[link widoczny dla zalogowanych] W 1953r. Stanley L. Miller, doktorant Harolda C. Urey'a z Chicago University (pomimo poważnych wątpliwości swojego promotora), opierając się na teorii Oparina, oraz podobnej J. B. S. Haldane'a, zaproponował następujący eksperyment:

W układzie dwóch sterylnych kolb dolna, wypełniona parującą wodą symulowała praocean, górna, zawierała mieszaninę: NH3, CH4, H2O i H2, miała odpowiadać składowi pierwotnej atmosfery. Mieszanina gazów była poddawana działaniu łuku elektrycznego, symulującemu wyładowania atmosferyczne. Po poddaniu analizie Miller uzyskał 13 aminokwasów (z dwudziestu występujących w białkach), pirymidyny i puryny oraz m.in. rybozę! – więcej, niż się spodziewano (.......) "

Co konkretnie uzyskał Miller ? :

" [link widoczny dla zalogowanych] Po zakończeniu doświadczenia Miller wykrył w swojej aparaturze 12 aminokwasów. W kolejnych latach Miller kontynuował prace nad podjętym przez siebie tematem, modyfikując skład mieszaniny gazów reakcyjnych.W 2008 roku Jeffrey Bada, jeden ze studentów Millera, przebadał ponownie próbki uzyskane przez Millera pół wieku wcześniej. Za pomocą nowocześniejszej aparatury udało mu się wykryć w materiale badawczym 22 aminokwasy.

Jakie znaczenie ma eksperyment Millera odnośnie rozważań ta temat pochodznia zycia ?

[link widoczny dla zalogowanych] (.....)Ten powszechnie znany dzisiaj eksperyment wskazuje na możliwość spontanicznego powstawania „cegiełek życia”: aminokwasów, zasad azotowych, rybozy... ale, niestety, nic nie mówi o kolejnych niezbędnych i o wiele bardziej złożonych kolejnych etapach abiogenezy."

Dlaczego tak sądzimy ?

'W roku 1953 Stanley Miller poddał „atmosferę”, złożoną z wodoru, metanu, amoniaku i pary wodnej działaniu wyładowań elektrycznych. W rezultacie powstało kilka z wielu aminokwasów, z których są zbudowane białka proste. Millerowi udało się jednak uzyskać tylko 4 spośród 20 aminokwasów niezbędnych do istnienia życia. Ponad 30 lat później uczeni ciągle jeszcze nie byli w stanie uzyskać doświadczalnie wszystkich 20 niezbędnych aminokwasów w warunkach, które można by uznać za prawdopodobne.'

Czyli widzimy ,ze Miller uzyskał mieszankę racemiczną złozoną z przydatnych i nie przydatnych do zycia aminokwasów (a ponadto smoły, kwasów i róznych innych toksyn wrogich zyciu).'istnieje ponad 100 aminokwasów, z których tylko 20 jest potrzebnych do budowy protein, czyli białek prostych, będących składnikami żywych organizmów. Co więcej, występują one w dwóch postaciach: Jedne cząsteczki są „prawoskrętne”, a drugie, jewoskrętne” (....)wszystkie 20 aminokwasów, z których składają się proteiny w żywych organizmach, są lewoskrętne.'

"Tworzące białka aminokwasy, które mają więcej niż jedno ramię, muszą być ze sobą połączone odpowiednimi ramionami. Takie połączenie nazywa się wiązaniem peptydowym. W innym przypadku powstanie bezużyteczny łańcuch aminokwasów."

„Wielu naukowców uważa dziś, że atmosfera panująca na naszej planecie w czasie, kiedy powstawało życie, jest inna niż ta, którą przedstawił Miller w swym eksperymencie. Twierdzą oni, że składały się na tę atmosferę nie wodór, metan i amoniak, ale dwutlenek węgla i azotany. Wiadomości te nie cieszą chemików. Kiedy próbują oni doprowadzić do reakcji azot i dwutlenek węgla, otrzymują taką ilość cząstek organicznych, jak po wpuszczeniu jednej kropli środka barwiącego do pełnego basenu. Wyobrażenie sobie, że życie powstało z tak rozcieńczonej cieczy, stanowi nie lada problem dla naukowców.”

„National Geographic” (Marca 1998 rok 'The Emergence of life on Earth')

"Geolodzy są zdania, że w pierwotnej atmosferze ziemskiej występowały przede wszystkim dwutlenek węgla i azotany. Gazy te są o wiele mniej aktywne niż gazy użyte w 1953 roku do przeprowadzenia doświadczenia (doświadczenia Millera).Jeżeli nawet millerowska atmosfera istniała w rzeczywistości, to w jaki sposób cząsteczki tak proste jak aminokwasy mogły przeprowadzić konieczne reakcje w celu utworzenia związków o wiele bardziej skomplikowanych, jakimi są białka? Sam Miller stwierdzał: „To jest rzeczywiście problem ( ...) Jak stworzymy polimery? To nie jest takie proste.”

"Earth" (Luty 1998).

Przeciętne białko w żywej komórce składa sie z około 100 L-aminokwasów, a wszystkie na swoim miejscu.

Do funkcjonowania najprostszej komórki potrzeba kilku tysięcy takich białek. Białka pełnią w komórce przerózne funckcje [link widoczny dla zalogowanych] . Jedne sa enzymami, inne slużą za materiał budowlany, inne z kolei tworzą receptory. Jak to się ma do racemicznej mieszaniny jaką uzyskal Miller (oczywiście nie wymieniłem tutaj takich cząsteczek , jak DNA czy RNA) ?

" [link widoczny dla zalogowanych] Białka – wielkocząsteczkowe (masa cząsteczkowa od ok. 10 000 do kilku mln Daltonów) biopolimery, a właściwie biologiczne polikondensaty, zbudowane z reszt aminokwasów połączonych ze sobą wiązaniami peptydowymi -CONH-. Występują we wszystkich żywych organizmach oraz wirusach. Synteza białek odbywa się przy udziale specjalnych organelli komórkowych zwanych rybosomami.

Zazwyczaj liczba reszt aminokwasowych pojedynczego łańcucha polipeptydowego jest większa niż 100, a cała cząsteczka może być zbudowana z wielu łańcuchów polipeptydowych (podjednostek)."

100 L-aminokwasów , w śćiśle uporzadkowanej sekwencji, nadaje białku odpowiednie właściwości biochemiczne. Kiedy ilość aminokwasów w tworzących łańcuch białkowy (polipeptydowy) spada poniżej 50, to białko traci stabilność przestrzenną i staje się (przeważnie) bezuzyteczne.

" [link widoczny dla zalogowanych] Zsyntetyzowany w komórce łańcuch białkowy przypomina unoszącą się swobodnie w roztworze "nitkę", która może przyjąć dowolny kształt (w biofizyce nazywa się to kłębkiem statystycznym), ale ulega procesowi tzw. zwijania białka (ang. protein folding) tworząc mniej lub bardziej sztywną strukturę przestrzenną, zwaną strukturą lub konformacja białka "natywną". Tylko cząsteczki, które uległy zwinięciu do takiej struktury, mogą pełnić właściwą danemu białku rolę biochemiczną. Ze względu na skalę przestrzenną pełną strukturę białka można opisać na czterech poziomach:Struktura pierwszorzędowa białka (sekwencja aminokwasów, struktura pierwotna białka) – kolejność aminokwasów w łańcuchu polipeptydowym Struktura drugorzędowa białka – przestrzenne ułożenie fragmentów łańcuchów polipeptydowych. Do struktur drugorzędowych zaliczana jesthelisa alfa (ang. α helix) harmonijka beta (ang. β sheet) beta zakręt (pętle omega) (ang. β hairpin) Struktura trzeciorzędowa białka – wzajemne położenie elementów struktury drugorzędowej.Struktura czwartorzędowa białka – wzajemne położenie łańcuchów polipeptydowych oraz ewentualnie struktur niebiałkowych (grupa prostetyczna): cukrów w glikoproteidach ,lipidów w lipoproteidach, kwasów nukleinowych w nukleoproteidach,barwników w chromoproteidach,resztę kwasu fosforowego w fosfoproteidach (....)

Białka mają następujące funkcje: kataliza enzymatyczna – od uwadniania dwutlenku węgla do replikacji chromosomówtransport – hemoglobina, transferynamagazynowanie – ferrytynakontrola przenikalności błon – regulacja stężenia metabolitów w komórceruch uporządkowany – skurcz mięśnia, ruch – np. aktyna, miozynawytwarzanie i przekazywanie impulsów nerwowychbuforykontrola wzrostu i różnicowaniaimmunologiczna – np. immunoglobulinybudulcowa, strukturalna – np. &-keratyna, elastyna, kolagen, przyleganie komórek (np. kadheryny)regulatorowa (regulacja hormonalna i regulacja przebiegu procesów genetycznych) – reguluje przebieg procesów biochemicznych – np. hormon wzrostu, insulina, czynniki transkrypcyjne i inne."

Eksperymenty Millera miały wspierać hipoteże rosyjskiego chemika
Oparina.

Wielu znanych biologów (ewolucjonistów) oponowało wobec hipotezy
Oparina, rzekomo popartej eksperymentem Millera, argumentując, że jest ona
błędna: np. profesor biologii Lynn Margulis :

„[Najmniejsza bakteria] o wiele
bardziej przypomina ludzi niż mieszaninę związków chemicznych, otrzymaną przez
Stanleya Millera, gdyż ma już owe właściwości [biochemicznego] systemu. Toteż
mniejsza odległość dzieli
bakterię od człowieka niż ową mieszaninę aminokwasów od bakterii”.

Tego typu szczere wypowiedzi fachowców, które uzmysławiały ludziom przepaść dzielącą najprostszy znany organizm komórkowy z tym ,co Miller uzyskał w swoim eksperymencie nie podziałały na ewolucjonistów/ateistów i wbrew logice oraz empirii utrzymywali oni przez całe dziesieciolecia, w głowach prostego ludu, rzekomą prawdziwość jawnie falszywej i sfalsyfikowanej hipotezy Oparina, oraz prezentowali w fałszywym świetle wymowę eksperymentow Millera. Hipoteże Oparina/Millera odrzucono dopiero wówczas, kiedy uczni odkryli rybozymy, to znaczy cząsteczki złożone z RNA , które mają zdolności katalityczne (enzymatyczne). Wybuchł entuzjazm i głośno zaczęto pisać o wątpliwościach , które podnosili już od dawna uczciwi uczeni (w tym kreacjoniści), to znaczy dotyczące dylematu: " kura czy jajo http://pl.wikipedia.org/wiki/Jajko_czy_kura%3F " (co powstało najpierw : RNA, DNA, czy bialka?).

Wcześniej ateiści wpominali o tym problemie , ale w taki sposób , że każdy
niezoriętowany bagatelizował ten istotny problem, a dzieci z lekcji biologii
wprost pod strzechy zanosiły nowinę , że nauka wie jak powstało życie. Że
amerynański naukowiec S. Miller swoimi doświadczeniami potwierdził teorie rosyjskiego chemika Oparina.

Kiedy odryto rybozymy (RNA-enzymy o pewnych zdolnościach do kakalizowania reakcji chemicznych .Zdolnościach bardzo wyolbrzymianych. [ [link widoczny dla zalogowanych] "Rybozymy - substancje zbudowane z kwasu rybonukleinowego (RNA) zdolne do katalizowania pewnych reakcji chemicznych. Spełniają zatem funkcje analogiczne do enzymów białkowych." ,Sceptycyzm: [link widoczny dla zalogowanych] "O ile, co do wtórności DNA panuje konsens, z koncepcją świata RNA wiąże się wiele problemów.RNA, choć może być katalizatorem, jest katalizatorem raczej słabym (w porównaniu do białek). Wierność przekazywania informacji genetycznej w porównaniu do DNA jest mniejsza. Cząsteczki RNA są dość niestabilne i stosunkowo łatwo ulegają hydrolizie".]).

Zaczęto nagle z entuzjazmem głosić , że "OGROMNA PPRZESZKODA" na drodze spontanicznej syntezy życia (dylemat: "kura czy jajo") została w końcu pokonana i w efekcie na wyjasnienie poczatków życia zaproponowano hipotezę ,którą 'ochrzczono' : "ze Swiata RNA"-co skutkowało tym , że hipoteza Oparina wylądowala na smietniku nauki.

Jak hipoteza Oparina ,tak i hipoteza: ze "Swiata RNA" była latami utrzymywana w umysłach 'prostego ludu', aż NAGLE pojawiła się nowa koncepcja i NAGLE 'prosty lud' dowiedział się o wszelkich mankamentach związanych z hipotezą "Swiata RNA", która do tego czasu wszystko elegancko "wyjasniała"! ([b]"Nagłe pojawienie się dużych samokopiujących się cząsteczek, takich jak RNA, jest niemal niemożliwe. Życie powstało raczej jako sieć wzajemnie oddziałujących małych cząsteczek, sterowana przepływem energii ROBERT SHAPIRO[ Polski przedruk tego tekstu :“Świat nauki”, lipiec 2007, nr 7 ])". [/b]

[link widoczny dla zalogowanych]
Robert Shapiro

[link widoczny dla zalogowanych]

Zanim hipoteza "Swiata RNA" okazała się nieprawdą (co stało się z dnia na
dzień, jak i w przypadku hipotezy Oparina/Millera) rózni uczni sygnalizowali poważne trudności z nią związane, ale ateistyczny świat naukowy był na te sygnały głuchy. NP.: Biochemik, Gerald Joyce, uznał, że RNA nie nadaje się do roli pierwszych składników życia (....)Joyce wierzy, że świat RNA poprzedzał świat DNA, ale uważa, że przed RNA musiały istnieć pewnego rodzaju żywe komórki. ".

[link widoczny dla zalogowanych]
Gerald Joyce
(Ten uczony będzie też bohaterem dalszej czesci niniejszego
wywodu-a włąsciwie w części stanowiacej jego kulminację.).

„Cała dyskusja koncentruje się wokół jednego: tajemnicy cząsteczki RNA, która powstała w roztworze wymieszanych ze sobą polinukleotydów. Z punktu widzenia prabiotycznej chemii takie założenie jest nie tylko nierealistyczne, ale wręcz powinno zweryfikować poglądy optymistów na temat potencjału katalitycznego RNA.”
(G.F. Joyce, L. E. Orgel, "Prospects for Understanding the Origin of the RNA World", In the RNA World, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1993, s. 13).

[link widoczny dla zalogowanych]
L. E. Orgel

Takie wątpliwości były jednak nie godne poważnego rozważenia przez materialistów , ponieważ rodziły poważne konsekwencje dla samej hipotezy , która zasłyneła z ominięcia dylematu w rodzaju: "kura czy jajo" odnośnie wczesniej uznawanej hipotezy Oparina. Takie hipotezy zakładały, iż prekursorem życia opartego o samo RNA, hipotetycznego 'ryboorganizmu' musiałaby być jakaś forma (prymitywnego) komórkowego replikatora, to znaczy zycia jeszcze bardziej uproszczonego niż postulowany 'ryboorganizm'.

A więc znowu zabrnięto w ślepą uliczkę, ponieważ z rozważań teoretycznych i doświadczeń winikało (i w dalszym ciągu wynika.) to, co było wiadome już od czasów Pastera, to znaczy ,że życie może pochodzić od już istniejacego zycia! Innymi słowy jak bumerang powrócił dylemat w rodzju :"kura czy jajo". Niespodziewanie na ratunek (tymczasowy) przyszedł Robert Shapiro, emerytowany weteran w dziedzienie badań nad pochodzeniem życia. Zaproponował on (wziętą z sufitu , ponieważ nie potwierdzoną ani przez dobry model teoretyczny czy w jakikolwiek sposób doświadczenie) koncepcję: "Najpierw metabolizm". Sam Shapiro w swoim (krótkim i prostym) artykule (“Świat nauki”, lipiec 2007, nr 7 ) uczciwie przedstawił braki swojej hipotezy i nakreślił ją raczej jako ciekawostkę , luzną koncepcję. Np. pisał , że nawet jak takie metaboliczne cykle protokomórkowe mogły kiedykolwiek zaistnieć , to trudno sobie wyobrazić, jak mogła zaistnieć możliwość 'przeskoku' od takiego "samometabolizującego protobionta" do komórki złozonej z RNA. Ale ateistyczna elita ewolucjonistów nie była tak sceptyczna jak sam odkrywca.
I 'nakreslone na kolanie' luzne rozważania Roberta Shapiro stały się nagle
'prawdą naukową' i nagle pojawiły się publiczne doniesienia; jak to nowa
wspaniała koncepcja weterana nauki o abiogenezie: Roberta Shapiro rozwiązuje wielki dylemat związany z koncepcją 'Swiata RNA'. "Nareszcie znamy prostszy prekursor życia, od którego mógł wyewoluować ryboorganizm"!

Oczywiście mało kto z laików zdawał sobie sprawę , że cała hipoteza "Najpierw metabolizm" zawierała się w kilku kolorowych obrazkach:

[link widoczny dla zalogowanych]
Robert Shapiro wykłada swoją 'hipotezę'.
(Czyli- "historię" genezy życia w kilku obrazkach)

Przy okazji-jak gdyby nigdy nic-oznajmiono 'prostemu ludowi' o poważnychwątpliwościach , które dotyczyły już od jakiegoś czasu koncepcji "Swiata RNA". Wczesniej o tych faktach wiedziała tylko elitarna grupa strażników 'jedynego i słusznego światopogladu'. Wiedzieli tez o tym inni uczeni, ale woleli siedzieć cicho. Jeżeli natomiast ktoś się wychylił, to w zalezności od statusu naukowego był albo ignorowany , alebo po prostu obrzucany błotem.

Za jakiś cza Jack Szostak i inni przeprowadzili ciekawe eksperymenty. Choć
podobne eksperymenty były już przeprowadzane, to jednak te były w pewien
sposób wyjątkowe. Szostak i ekipa uzyskali pewien rodzaj tłuszczu , ktory w
pewnych warunkach tworzy pęcherzyki tłuszczowe (podobne do tych , które
pływają w rosole), ktore ponadto potrafią się łączyć w wieksze (zlewać) i po
przepuszczeniu przez pewien rodzaj filtra (lub kiedy 'urosną' do pewnej
granicy) spowrotem dzielić na mniejsze pecherzyki.

[link widoczny dla zalogowanych]

Jack Szostak wykłada swoją (zawartą w kilku kolorowych obrazkach) "hipotezę 'protokomórek' ".

[ Pod tym linkiem można znalezć tekst Jacka Szostaka i A. Ricarda, czyli 'obrazkowe,
kolorowe podsumowanie 50 lat badań nad zagadnieniem pochodzenia życia'
[link widoczny dla zalogowanych] ]

Oczywiście i w polskim intenecie nadano temu rozgłos i wagę wiesze
niż to wszystko razem wziete jest warte. Zacytujmy:
Życie schwytane w błony
" [link widoczny dla zalogowanych] Współczesne życie znamy niemal wyłącznie jako formy komórkowe. Jak to się więc stało, że pływające swobodnie w praoceanie, konkurujące co do skuteczności na zasadzie „każdy przeciw wszystkim” replikatory, zamknęły się w błonach tworząc pierwotne komórki? Oparin postulował, że pierwsze błony były zbudowane z polisacharydów, która to hipoteza jest nie do utrzymania choćby z powodu trudności w wyjaśnieniu, jak z błony polisacharydowej mogłaby wyewoluować współczesna lipidowo – białkowa.

Samo powstanie struktury przypominającej błonę komórkową nie jest niczym nadzwyczajnym. Współczesne błony zbudowane są z dwuwarstwy kilku rodzajów fosfolipidów, gęsto poprzetykanej białkami (tzw. model płynnej mozaiki). Taka struktura jest oczywiście zbyt złożona, by mogła utworzyć się spontanicznie w praoceanie, zwłaszcza jeśli wziąć pod uwagę, że prawdopodobnie białka (w dzisiejszym znaczeniu tego słowa) jeszcze nie istniały . Tym niemniej, wszelkie związki amfifilowe w wodnym środowisku mają tendencje do samorzutnego tworzenia struktur micelarnych, spośród których dwuwarstwa jest jedną z preferowanych form. Struktury takie nie wymagają zewnętrznej informacji, a ich powstawanie wynika wprost z praw termodynamiki. Należałoby, rzecz jasna, poszukać związków o takim charakterze o wiele prostszych w budowie niż fosfolipidy, które mogłyby występować w praoceanie. Taki charakter mają chociażby kwasy tłuszczowe, w tym kwas 5-metylo-nonanowy oraz PAH (policykliczne węglowodory aromatyczne), wyekstrahowane m.in. z meteorytu z Murchison, czy alkohol dodekanowy. Pęcherzyki uformowane z takich substancji mogą zamykać w swoim wnętrzu polimery, takie jak RNA. (....)Duże znaczenie mogą natomiast mieć prace zespołu J. Szostaka z Harvardu. Tworzone tam układy zbudowane są z kwasów tłuszczowych, spontanicznie formujących pęcherzyki mogące przechowywać cząsteczki RNA. W odpowiednich warunkach podlegają replikacji, „zjadają” inne pęcherzyki, a także dzielą się. Badania Szostaka pokazują, że kwas nukleinowy może samoczynnie replikować się w takiej „protokomórce”. Okazało się też, że obecność montmorylonitu (pospolity minerał ilasty) znacznie przyspiesza tworzenie pęcherzyków, jak również replikację zamkniętego w nich RNA – tak więc hipoteza Cairns – Smitha o roli takich substancji w pewnym sensie się potwierdziła. Czy można takie układy nazwać już protokomórkami? Błona otaczająca materiał genetyczny i enzym zarazem. Jednocześnie jest to układ wystarczająco prosty, by mógł powstać samoistnie w warunkach pierwotnej Ziemi. Najprostsze współczesne komórki, a nawet mycoplasma Ventera z genomem minimalnym są o wiele za bardzo złożone. Stopień komplikacji pierwszych form życia musiał być na poziomie „protokomórek” Szostaka, co nie znaczy, że właśnie tak musiały wyglądać. Czy życie powstało w chwili zamknięcia replikatora w pęcherzyku z kwasów tłuszczowych? Aby układ można było nazwać żywym, musi on spełniać trzy kryteria: wzrostu, rozmnażania i ewolucji. „Protokomórki” niewątpliwie spełniają dwa pierwsze. Ostateczne wyniki zespołu nie zostały jeszcze opublikowane, przypuszczalnie jednak właśnie prowadzone są prace nad ich ewolucją. Fascynujące byłoby zobaczyć, czy geny zamknięte w tłuszczowych pęcherzykach będą w stanie stworzyć nową formę życia, rozwijającą się według darwinowskich zasad (.....)"

W dalszym ciągu autor opracowania- idąc w ślady wszelkiej masci zwolenników SAMOdziejstwa- proponuje swoje "wyjasnienie" możliwości "powstania/ wyewoluowania zycia."

"(.....)Czy, w przypadku powodzenia, mielibyśmy ostateczną odpowiedź? Z pewnością nie. Życie powstało około 4 miliardów lat temu, dlatego prawdopodobnie nigdy nie będziemy wiedzieli, jak ono powstało – a jedynie – jak mogło powstać. Jednego można być pewnym:
[size=150]
//*życie mogło powstać wyłącznie dlatego, że powstawało etapami.*\\[/size]

Najpierw powstanie prostych związków organicznych, następnie polimeryzacja, powstanie pierwszych replikatorów – na tym etapie zaczyna działać selekcja, a więc także kumulacja drobnych zmian – i zamknięcie ich w „opakowaniu”: najprawdopodobniej pęcherzykach zbudowanych z substancji amfifilowych, prekursorach współczesnych błon biologicznych. Złożoność współczesnego życia wydawałaby czymś nieprawdopodobnym, gdyby nie fakt, że każdy z wymienionych etapów był czymś jak najbardziej prawdopodobnym, a może nawet koniecznym. Być może istnieje wiele alternatywnych scenariuszy abiogenezy, i pytanie, który z nich rzeczywiście zaszedł na naszej planecie zawsze pozostanie bez odpowiedzi.".

"Życie mogło powstać tylko etapami". No i mamy "wyjasnienie" : " ŻYCIE POWSTAŁO STOPNIOWO".Tak czytelniku : w efekcie 50 lat badań nad pochodzeniem życia uczeni doszli do takiej własnie konkluzji.Ponadto dobrze jest zapewnić , że (być może) istnieje "kilka alternatywnych scenariuszy abiogenezy", wyrazić swoje (filozoficzne) przekonanie , że "powstanie życia mogło być koniecznością" , a na koniec postawić wotum nieufności dla wszelkich propozycji ,które się na ten temat pojawią. W sumie po takim wywodzie ,a i tytule, "MolekulaRNA zagadka rozwiązana (niewątpliwie chodzi o zagadkę pochodzenia życia) zdawałoby się , że nie istnieją UZASADNIONE powody do powątpiewania w słuszność tych twierdzeń. Nic dodać nic ująć -- czasami się zdaje , że ,świat oszalał....

Entuzjazm wybuchł kiedy się okazało , ze większe czasteczki, jak małe
fragmenty RNA, mogą przez błony tych pecherzyków przenikać do ich wnętrza. Uczeni stwierdzili , że mają do czynienia z prymitywną replikacją (tych pecherzyków) oraz doszli do wniosku , że koncepcja 'Swiata RNA' wcale nie jest taka głupia i że (po odpowiedniej modyfikacji) należy ją ułaskawić, zwłaszcza , że koncepcja "Najpierw metabolizm"- ze względu na liczne mankamenty z nią związane-nie jest koncepcją prawdziwie wiarogodną (oczywiście te wnioski, ktore podano do wiadomości 'prostego ludu', pojawiły się na ustach ateistów nagle, ni z gruszki ni z pietruszki.).

Jak wspomnianiałem owe pecherzyki, które się łaczyły i dzieliły, mogły
'zagarniać' pływajace w ich okolicach monomery i małe polimery, jak czasteczki RNA (i inne 'śmieci'). Kiedy już 'nazbierały' tych róznych fragmentów i kiedy nastepnie kilka mniejszych pecherzyków łaczyło się w jeden wiekszy ,to wszystkie zawarte ( 'złowione') w nie cząsteczki RNA gromadziły się w tym jednym większym pęcherzyku. Natomiast , kiedy ten pęcherzyk rozpadał się na
większą ilość mniejszych pęcherzyków, to część tych "zanieczyszczeń" była
ilosciowo rozdzielana do tych 'potomnych' pecherzyków. Jak to wszystko, efekty własnych doświadczeń skonemtował Jack Szostak? Zobaczmy: "Wyniki tych prac nie zostały na razie opublikowane - ale w czasie swojego wystąpienia na International Conference on the Origin of Life we Florencji Szostak opisał, jak jego zespołowi udało się sprawić, by //*protokomórki zawierające informacje genetyczną zaczęły się replikować*\\. *Owo powielanie nie jest na razie w pełni autonomiczne, nie mamy więc do czynienia z prawdziwym "sztucznym życiem"* - ale na pewno przybliża nas to do momentu, w którym uda się przekształcić substancje chemiczne w organizm biologiczny." Przyjrzyjmy się teraz logice na której Szostak zbudował swoje komentarze: "//*Protokomórki zawierające informacje genetyczną zaczęły się replikować*\\" To powyższe sformułowanie Szostaka , to klasyczny przyklad jak przez używanie
nieodpowiedniego języka można przypisać doświadczeniu wymowę , której ono nie ma i nigdy nie miało: "protokomórki zawierające informację genetyczną"-jak te pęcherzyki okreslił Szostak- kojarzą się laikowi z prostszymi , żywymi komórkami , które mogły powstać SAMoistnie i dać początek życiu obecnemu! Szostak "zapomniał" tylko dodać , że ta "informacja genetyczna" jest informacją genetyczną tylko dlatego , że takie same cząsteczki są nosnikami informacji genetycznej w PRAWDZIWYCH ZYWYCH ORANIZMACH! Natomiast w tym co wymodził Jack Szostak są to zwykłe bezużyteczne genetyczne śmiecie/ pozostałości , które przypadkowo zanieczyściły tłuszczowe pecherzyki!

A ta rzekoma "replikacja", która polega na rozpadzie wiekszej kropelki
tłuszczu na kilka mniejszych ma miejsce czasami w naszych talerzach z rosołem i z prawdziwą replikacją DNA, czy raczej prawdziwymi procesami podwojenia błony komórkowej u prawdziwych zywych komórek nie ma nic wspólnego, ma tyle do wspólnego co kamień z ropuchą. No ale takie uczone i wielkolotne określenia , jak "autokatalityczne błony" rzeczywiście mogą robić nieprzejednane wrażenie, zwłaszcza na ludziach , którzy nie maja pojecia o złożoności i precyzji procesów, które zachodzą w prawdziwych organizmach żywych. Szostak wprawdzie dodał:

"*Owo powielanie nie jest na razie w pełni autonomiczne, nie mamy więc do
czynienia z prawdziwym "sztucznym życiem"*"

"Nie mamy do czynienia z prawdziwym sztucznym zyciem", jest to wypowiedz
która ma uczciwie pokazywać prawdziwy status tych doświadczeń, ale w
połaczeniu z poprzednim zdaniem jest ona bardzo zwodnicza. Laik odniesie
wrażenie , że nie chodzi o "prawdziwe sztuczne życie", takie jak wspólczesne
bakterie , ale jednak mamy do czynienia z jakąś FORMĄ ŻYCIA nie takim ,
jakie znamy dzisiaj, ale jednak z życiem!

Pózniej wypowiedz Jacka Szostaka wystarczyło okrasić komentarzem: "ze względu na brak dobrej definicji życia nie możemy stwierdzić czy to , co uzyskał Szostak jest nieżywe". Fakt pozostaje jednak faktem , że to co naprawdę żyje (np. bakterie) i czego istnienie usiłuje się uzasadnić na kanwie hipotez SAMOdziejstwa, przy przeprowadzaniu odpowiednich eksperymentów, eksperymenty Szostaka nie uzasadniają. Bez względu na to jak byśmy nie nazwali 'pęcherzyków Szostaka' zagadka SAMOdziejnego pochodzenia życia dalej pozostaje zagadką! Swój zuchwały wywód Jack Szostak kończy słowami: "Ale na pewno przybliża nas to do momentu, w którym uda się przekształcić substancje chemiczne w organizm biologiczny".

Zanim zaczniemy się "wspoinać na wyższy poziom wiedzy" , żeby móc się przekonać (lub nie) jak wygladała ewolucja u samego jej "korzenia", to napierw przyjrzymy się szostakowym "autokatalitycznym błonom" i porównamy ten pyp "rozmnażania (podziału)" ze sposobami rozmnażania i syntetyzowania błony u prawdziwej komórki (replikację zostawimy sobie na pózniej). Nie ma potrzeby kolejny raz objaśniać , w jaki sposób dzielą się błony Szostaka , poniewaz, na dobrą sprawę, kazy może ten typ "rozmnażania" zaobserwować we własnym talerzu z niedzielnym rosołem.

Otóż bakterie same syntetyzują swoją błonę, poprzez odpowiednie przerabianie pobranych ze srodowiska substratów. Biorą w tej syntezie z udział złożone ciągi enzymatyczne. A same enzymy są oczywiście korowane przez DNA, a do ich powstania wymagane sa takie organelle , jak rybosomy. Awięc kolejny raz stajemy w rodzaju 'kura czy jajo'.(......)

monitor/konto_usuniete

(.......)Rzucmy jednak okiem na to , co się dzieje na rynku ideii naukowych: Po niedługim jednak czasie, jak to juz wiele razy miało to miejsce, nastapiło
wydarzenie bardziej "doniosłe" niż eksperyment Jacka Szostaka- i emocje audytorium nieco opadły. I nagle zaczęło się mówić , jakby do tego oczywistego wniosku nie można było dojść od razu i o tym oznajmić, że to co uzyskał Jack Szostak w swoich eksperymentach nie wyjaśnia wielu aspektów związanych z abiogenezą (oczywiście niezorientowany wyciagnie z tej wypowiedzi wniosek , że choć "nie wyjasnia wielu aspektów abiogenezy", to jednak wyjasnia jakiekolwiek , a może i większość. Co jest oczywiście wierutnym kłamstwem i nonsensem!).

Zaczęto głosić że "materiał" genetyczny zawarty z "protokomórkach" jakie
uzyskał Szostak nie replikuje się tak , jak w prawdziwych komórkach. Że błony nie są syntetyzowane przez złozone kompleksy enzywmatyczne, jak w prawdziwych komórkach, które same z resztą są kodowane przez DNA (materiał genetyczny prawdziwych komórek), a tylko substraty (a właściwie gotowe błony) są dostarczane z zewnątrz. I że taki układ nie stanowi zbyt dobrego punktu wyjscia odnośnie rozważań o początkach zycia.

A co, z dnia na dzień, skłoniło naszych zwolenników SAMOdziejstwa do tak szczerych wyznań? Otóż inna grupa naukowców (i studetów) na bazie starych doświadczeń, przy wykorzystaniu własciwości łańcuchów RNA do spontanicznego , komplementarnego, łączenia się i rozdzielania (podczas naprzemiennego ogrzewania i oziębiania otoczenia , w którym się te łańcuchy umieści [denaturacja i renaturacja RNA. Właściwości (w przypadku 'pokrewnej' czasteczki DNA) wykorzystywane w technice PCR]) zaprojektowała i przeprowadziła bardzo interesujący eksperyment.

[link widoczny dla zalogowanych]

Gerald F. Joyce

Michael Robertson

David Horning

(i. in.)

Oryginalna publikacja na ten temat: [link widoczny dla zalogowanych]
Tracey A. Lincoln , Gerald F. Joyce
"Self-Sustained Replication of an RNA Enzyme"

Na czym polegała rewelacyjność nowego doświadczenia? Otóż udało się
skonstrułować rybozym złożony z dwóch podjednostek, który "przyciągał [na
zasadzie komplementarnego łaczenia się zasad.]" dwie takie same podjednostki , które po połączeniu się z nim; łączyły się w kolejny rybozym złożony w dwóch podjednostek, a zarazem katalizowały łaczenie się tego 1 rybozymu. W tym procesie wykorzystano dwie zdolności RNA już wczesniej poznane: 1) zdolności do komlementarnego i spontanicznego łączenia się 2 łańcuchów RNA bez udziału enzymu. 2) do katalizowania; łaczenia się w większe cząsteczki RNA cząteczek mniejszych (to znaczy do ligacji).
To zaplanowane inteligentnie doświadczenie przeprowadzano w urządzeniu, które nazywa się "termocyklerem" [lub amplifikatorem].

(Techiniką PCR namnażano też niezbędne podjednostki ryzobymowe, z ktorych 'składały' się ryzobymowe replikatory. Następnie te inteligentnie zaplanowane , skomplikowane, czasteczki,
jako gotowe kąmponenty dodawano do eksperymentu. Bez tego replikacja byłaby niemożliwa. Żywa komórka sama potrafi [za pomocą wyrafinowanych, współgrajacych cykli molekularnych [anabolicznych i katabolicznych] produkować/ syntetyzować potrzebne jej podzespoły.
Pod tym wzgledem żywa komórka jest całkowicie autonomiczna, co ,w miarę szczegółowo opisałem w artykule : "Wielki Projekt zycia".).

Kiedy temperaturę podnoszono rybozymy się rozdzielały ("topniały"), kiedy temperaturę obniżano, to dwa powstałe w pierwszym cyklu rybozymy przyłaczały kolejne podjednostki i w efekcie kolejnego cyklu powstawały już 4 takie rybozymy (pózniej 8, 16, 32 itd.). Należało jednak nieustatnie dodawać do tego układu złożone i zaprojektowane podjednostki (to znaczy gotowe łańcuchy RNA.).

'Dokładnie rzecz biorąc, replikujący się system składał się z dwóch enzymów (E i 'E), a każdy z nich z dwóch podjednostek (A i B). Enzymy działały na siebie jak katalizatory, skłaniające się wzajemnie do syntetyzowania swoich replik (Ligacji- to znaczy katalizowania łaczenia pomiędzy jednostkami A i B). Proces ten zachodził cyklicznie – pierwszy enzym (E [złożony z podjednostek A i B]) wiązał dwie podjednostki (A i B) tworzące drugi enzym ('E) i łączył je ze sobą (Ligacja), by stworzyć nową kopię drugiego enzymu (powstawał [przed oddysocjowaniam rybozymów od siebie] tymczasowy kompleke E-'E), podczas gdy drugi enzym robił to samo z podjednostkami pierwszego enzymu. Taka współbieżna replikacja potrzebuje tylko niewielkiej ilości obu enzymów i stałego dopływu podjednostek, by działać bez końca.'.

[img]http://scienceblogs.com/pharyngula/2009/01/chemical_replicators.php[/img]

Schemat obrazujący tą rybo-replikację:

Podjednostni A (większa) i B (mniejsza) po połaczeniu dają kompletny rybozym, ktory oznaczono literą E. Sprawa jest nieco złozona, ale opiera się na prostej zasadzie
(początkowo) komplementarnego łączenia (a pózniej ligacji). PZ Myers też miał kłopoty z prostym wyjaśnieniem czytelnikom, więc zaprezetował tą prostą zasadę. Ja też tak uczynię, a szczegóły niech kazdy sobie dopracuje główkując na podstawie powyższego schematu. A wiec do rzeczy. Poczatkowo mamy złozonyz podjednostek A i B rybozym, który oznaczymy literą E (A + B = E). Do E przyłaczają sie dwie podjednostki A i B , co z kolei daje kolejny rybozym 'E (E + A i B = 'E). I tak dalej....

Schemat pokazujący sekwencję i ilośc rybo-nukleotydów, z których składały sie rybo-replikatory.

[A-adenina, C-cytozyna, G-guanina, U-uracyl.]

Przy okazji (i dla porówniania pewnych interpretacji z zaprezentowanym powyżej modelem rybozymów) chciałbym zwrócic uwagę na wazną sprawę. Zwolennicy SAMOdziejstwa-jak już wspomniano- mają chrorobliwą wręcz skłonność do nadawania obserwacjomwiększej wymowy niż te obserwacje w rzeczywistosci posiadają.mają. W sieci ukazała się taka oto informacja:

Autor eksperymentu:

E. Di Mauro

(Oryginalny tekst [link widoczny dla zalogowanych] )

[link widoczny dla zalogowanych]

Niedawno E. Di Mauro z Uniwersytetu

Rzymskiego wykazał, w jaki sposób może dojść do samoistnej syntezy długich fragmentów RNA. Z powodu niestabilności wiązań, spontaniczna synteza dłuższych polinukleotydów wydawała się mało prawdopodobna. Eksperyment jednak wykazał, że w odpowiednich warunkach kilka wytworzonych osobno łańcuchów może się ze sobą łączyć, tworząc znacznie większą cząsteczkę – wystarczająco długą (ponad 100 nukleotydów), by przyjąć odpowiednią konformację przestrzenną umożliwiającą powstanie właściwości katalitycznych."

[link widoczny dla zalogowanych]

"Hipoteza tzw. świata RNA, zgodnie z którą pierwsze formy życia na Ziemi wykorzystywały cząsteczki RNA zarówno jako nośnik informacji genetycznej, jak i cząsteczki o charakterze enzymów, jest jedną z najpopularniejszych teorii dotyczących początków życia na naszej planecie. Najnowsze dane, dostarczone przez włoskich naukowców, dodatkowo umacniają wiarygodność tej hipotezy.
Zespół prof. Ernesto Di Mauro z rzymskiego uniwersytetu La Sapienza analizował zachowanie cyklicznych nukleotydów - związków blisko spokrewnionych z jednostkami budulcowymi RNA. Włoscy naukowcy chcieli sprawdzić, czy cząsteczki tych substancji mogą przejść spontaniczną polimeryzację, której produktem byłyby cząsteczki RNA.

Jak wykazano podczas serii prostych eksperymentów, do samoczynnego zajścia syntezy RNA wystarczyło podgrzanie środowiska, w którym przebywały cykliczne nukleotydy. Po podgrzaniu wodnego roztworu tych cząsteczek do temperatur z zakresu od 40 do 90 °C okazało się, że możliwe jest powstanie polimerów RNA o długości przekraczającej 120 nukleotydów (......)"

W tym doniesieniu znajdujemy jednak dodatkową ważną informację:

"(....)W badanych przypadkach zsyntetyzowane cząsteczki były co prawda zbudowane zaledwie z jednego typu nukleotydów (a nie z czterech, jak cząsteczki RNA występujące w organizmach żywych), lecz fakt zaobserwowania spontanicznej syntezy łańcuchów RNA oznacza przełom w badaniach zarówno nad chemicznymi właściwościami tego związku, jak i nad początkami życia na Ziemi (....)"

Jak zdążyliśmy się już przekonać rybozymy (RNA-enzymy) mają (w porównaniu z enzymami białkowymi) małe możliwości katalityczne (biochemiczne). Ta mała wszechstronność rybozymów jest spowodowana choćby samą ich budową. Składają się one jedynie z czterech rybo-nukleotydów (A, C,G, U) w przeciwieństwie do białek ,ktore skladają się z 20 L-aminokwasów, co daje im ogromne mozliwości w powstawaniu różnorakich sekwencji i konformacji (kształtu przestrzennego), oraz uzyskiwania możliwości biochemicznych. Dlatego białka mogą w komórce pełnić tak wiele przeróżnych zadań molekularnych. Jeżeli rybozymy złożone z czterech zasad mają tak mierne możliwości katalityczne to, co powiedzieć o RNA-łańcuchach zbudowanych tylko z jednego rodzaju nukleotydu !?

RNA (kwasy rybo-nukleinowe) pełni najrozmaitsze funkcje w komórkach. Jedne czasteczki przenoszą informacje z DNA do rybosomów, aby na ich matrycy powstawały białka (mRNA). Inne dostarczają do tych rybosomów aminokwasy (tRNA). inne tworzą (jako kofaktory) kompleksy z białkami (jak np. rRNA). Inne rybozymy potrafią przecinać inne fragmenty RNA (mają wlaściwości 'egzonukleazy'), inne łaczyć fragmenty RNA (mają własciwości 'ligazy'.

Od czego również innego niż ilość nukleotydów zależą takie rózne właściwości kwasów rybo-nukleinowych ? Odpowiedz jest niemal identyczna , jak w przypadku białek, to znaczy od kolejności ułożenia w łańcuchu rybonukleinpwym odpowiednich rybonukleotydów. Jak i w przypadku białek , tak i w przypadku rybozymów różne (losowe)sekwencje mogą być użyteczne lub nie. Przypadkowo łączace się nukleotydy tworzą sekwencje chaotyczną (tak samo jak przypadkowo łaczace sie aminokwasy). Wiec w jaki sposób w pierwotnym rybo-racemacie mogły powstawać użyteczne kombinacje ? A jak już nawet jakię powstały ,to w jaki sposób znalazły wymaganych 'kompanów' , żeby stworzyć razem życie ? Ten własnie problem mieli fachowcy, których cytowałem wczesniej. Tacy fachowcy jak Robert Shapiro, Orgel i in. No ale mimo tych wszystkich mankamentów autorom artykuliku nie przeszkadza to w stwierdzeniu:

"(....)Odkrycie dokonane przez zespół prof. Di Mauro jest kolejną ważną przesłanką na rzecz prawdziwości hipotezy o świecie RNA. Jest ono tym ważniejsze, że cykliczne nukleotydy także mogą powstawać spontanicznie, zaś substratami do ich syntezy są proste związki, które mogły występować na Ziemi kilka miliardów lat temu. Wiele wskazuje więc na to, że powstanie życia na naszej planecie zawdzięczamy... serii stosunkowo prostych reakcji chemicznych."

Wróćmy ponownie do omawianego eksperymentu z rybozymami-replikatorami. Eksperyment rzeczywiście to bardzo, bardzo ciekawy, ale czy dla dowodzenia SAMoistnej możliwości powsatnia zycia użyteczny?

Biorąc pod uwagę przechwałki autorów doświadczenia przeciętny laik, zastaszony tyranią autorytetu materialistycznej nauki, prawdopodobnie dałby się przkonać. Ale nie ktoś , kto choćby pobieżnie rozumie procesy biochemiczne zachodzące podczas prawdziwej replikacji , która ma miejsce w prawdziwych zywych organizmach!

Jeden z autorów eksperymentu powiedział: "System taki jest w stanie przenosić i zachowywać molekularnie zakodowaną informację i zmieniać ją w procesie, który jest ucieleśnieniem darwinowskiej ewolucji. Jak powiedziała Lincoln: „To co mamy nie jest żywe, ale ma niektóre własności podobne życiu”. To ciężka pigułka do przełknięcia dla kreacjonistów – czy trzeba lepszego dowodu na to, że mechanizmy ewolucyjne są w stanie tworzyć nowe jakości?".

A na jakiej podstawie p. Lincoln wysunęła tak dalece idący wnioski? Wnioski, które są oparte na doświadczeniu , które pokazuje typ ewolucji , który z powstawaniem życia nie ma i mieć nie może nic wspólnego i to bez wzgledu na to , jakich "nowych jakości" by nie naprodukował?

Przyjrzyjmy się tym doswiadczeniom na których Lincoln oparła swoje przechwałki (i przy okazji nieomieszkała 'pokąsać' kreacjonistów) : " [Badacze] Zaczęli tworzyć kolejne pary enzymów o podobnych własności. Po zmieszaniu 12 współbieżnie replikujących się enzymów i odpowiedniego zapasu ich podjednostek w jednym naczyniu, pozwolili im uczestniczyć w darwinowskich wręcz zmaganiach o przetrwanie. Zazwyczaj enzymy replikowały się poprawnie, jednak bywały sytuacje, w których jeden z enzymów „mylił się” i wykorzystywał podjednostkę z innych replikujących się enzymów. Co najbardziej fascynujące, większość w ten
sposób rekombinowanych enzymów również była zdolna do samodzielnej replikacji – aż wreszcie najlepsze replikatory zdominowały mieszaninę.".

(Oczywiście i ta "ewolucja" została przez badaczy zaplanowana. Powielali oni podjednostki
A i B techniką PCR (Łańcuchowej Reakcji Polimerazy) , a na takiej drodze mozna
wywoływać liczne mutacje. Takie 'spreparowane' kaponenty
dodawali oni do sztucznego srodowiska i wówczas dopiero zachodziła ta "ewolucja".).

Trochę wyżej wspomniałem , że ten typ replikacji nie przypomina w żaden sposób replikacji , jaka się odbywa w prawdziwych komórkach żywych. W tych prawdziwych komórkach (od bakterii do człowieka) replikację przeprowadza (a właściwie przeprowadzają , bo tych enzymów jest kilka typów) złożonyenzym białkowy, który nazwano polimerazą DNA. Choć cały proces jest niezmiernie złożony, to ja opiszę go tutaj pokrótce: "[za Wiki.] U bakterii replikacja zaczyna się w ustalonym miejscu i postępuje bardzo szybko, z prędkością rzędu 1000 nukleotydów na sekundę. Polimeraza DNA działa jedynie w kierunku od końca 3' do końca 5' (czyli syntetyzuje nową nić w kierunku od 5' do 3'). Z tego powodu jedna z nici jest syntezowana w sposób ciągły, druga (ta, którą chcielibyśmy zsyntezować w przeciwnąstronę) fragmentami (tzw. fragmenty Okazaki).

Kopiowanie podwójnej helisy DNA jest procesem złożonym. Proces dzieli się na fazy inicjalizacji, elongacji (wydłużania) i terminacji. W kolistych
cząsteczkach DNA replikacja rozpoczyna się w miejscu inicjacji, o długości ok. 200-300 par nukleotydów. Aby replikacja przebiegła prawidłowo, podczas rozdzielenia obu nici nie może dojść do zaburzenia ich struktury podstawowej (I-rzędowej). Muszą także zostać spełnione następujące warunki:

matryca DNA musi zostać dokładnie odczytana [przez odpowiedni enzym:
"Polimerazy: enzymy mające zdolność syntezy nici komplementarnej na matrycy pojedynczej nici kwasu nukleinowego. Polimerazy występują u wszystkich organizmów żywych".]. dostępna musi być odpowiednia ilość wolnych nukleotydów, podczas procesu musi zostać zachowana komplementarność nici. U bakterii zakończenie replikacji następuje niemal automatycznie (po skopiowaniu całego kolistego DNA, który jest pojedynczym replikonem). Do terminacji dochodzi, gdy widełki replikacyjne replikonu natkną się na specjalną sekwencję terminacyjną. "

A więc: 1) potrzebny jest odpowiedni enzym ,ktory posiadałby właściwości
biochemiczne umożliwiające mu łaczenie pojedynczych nukleotydów do gotowej już matrycy DNA (czy RNA). W porównaniu do rybo-replikatorów,
jakie uzyskano w omawianym eksperymencie jest do enzym niewspółmiernie
o wiele bardziej skomplikowany:

2) Odpowiednia ilość substratu (nukleotydów), to znaczy
odpowiednie ich stężenie w środowisku , gdzie ma odbywać się replikacja.

Czy obraz procesu jaki się wyjawia z tego opisu jest pod jakimś wzgledem
podobny do 'replikacji' , jaką opisałem na podstawie tego eksperymentu? W
eksperymencie replikatory rybozymowe składały sie już od samego początku z dwóch długich (zaprojektowanych) łańcuchów RNA (podjednostek) i łączyły się na zasadzie specyficznego powinowadztwa/komplementarności zasad. W prawdziwych żywych organizmach to 'powinowadztwo' umożliwia zachowanie stabilności łańchów polirybonukleotydowych (RNA) , jak i deoksyrybonukleotydowych (DNA), ale replikacja odbywa się zupełniem na innych zasadach ,które opisałem wyżej. Do tego typu replikacji potrzebny jest enzym , który "wyłapuje" pojedyncze nukleotydy z otoczenia, selekcjonuje je (są 4 rodzaje zasad:[b] A,C,G,T [/b][w RNA zamiast T jest U) i dopiero wówczas na zasadzie komplementarności dobudowuje do łancucha matrycowego łańcuch potomny (A-T, G-C).

Jak więc widzimy: ani sam dyskutowany proces (oparty na ryzobymowej 'replikacji' i ligacji) nie jest takiego rodzaju, żeby mógł stanowić punkt
wyjściowy dla ewolucji wiodącej do typu replikacji występujacej u
wspólczesnych organizmów żywych. Konsekwecje naja tutaj charakter domina. Więc 'ewolucja' , którą eksperymentatorzy przeprowadzili w laboratorium, z udziałem tych rybozymów, nie może wieść do typu replikacji opartej na białkowym enzymie i DNA (a nawet rzekomo wczśniejszej opartej na RNA) obecnej u współczesnych organizmów żywych.

Choć proces replikacji w żywych komórkach wymaga niezwykle złożonego kompleksu enzymatycznego (o którym sam każdy może sobie poczytać), to replikacja pojedynczego łańcucha DNA może odbywać się przy udziale samej tylko polimerazy DNA, oraz przy odpowiednim stężeniu tego enzymu i nukleotydów (które należy dodać do tego układu). Takie procesy przeprowadza sie in vitro (poza organizmem komórki-w sztucznie stworzonych warunkach.). Chodzi o tak zwaną technikę PCR ("Łańcuchowa Reakcja Polimerazy").

KOMPLEKS REPLIKACYJNY W ŻYWEJ KOMÓRCE.
(wymienię tylko kilka elementów)

1) HELIKAZA- rozplata połaczone komplementarcie łąńcuchy DNA.

2) HELIKAZA jednak nie mogłaby rozplatać dwóch komplementarnych nici, gdyby najpierwinny enzym TOPOIZOMERAZA 1 nie poprzecinał rozplatanychłańcuchów.

Wyjaśnie o co chodzi. Niech każdy wezmie do ręki dwa sznurowadła i SKRECI je spiralnie, na spoób w jaki zwinięte
jest DNA. Następnie proszę przywiązać jeden z końców tego podwójnego sznura do jakiegoś przedmiotu. Proszę teraz rozpleść fragment drugiego końca i wsadzić tam palca. Następnie proszę go przesuwać w strone przywiązanego końca pomiedzy tymi dwoma sznurowadłami usiłując je rozplatać. Co się bedzie działo ? Zamiast rozplatać sznurowadła na dwa oddzielne sznury zacznie się wytwarzać napięcie i w końcu opor bedzie tak wielki , że nie da się już bardziej rozplatać w ten sposób sznurowadeł. Ale co się stanie , gdy przetniemy jedno ze sznurowadeł ? Pod wpływem paporu ,jaki wywołamy naciskiem palca zacznie się ono odwijać i napięcie się zmniejszy. W ten sposób bedziemy mogli rozwinąc sznurowadła ponownie (w tym przypadku-po przecięciu jednego sznurowadła- tylko jedno z nich bedzie przywiązane do jakiegos przedmioty drugim końcem).

A więc bez ENZYMU , który nacina DNA, enzym HELIKAZA DNA nie mógłby zacząć skutecznie rozplatać podwójnej spirali DNA, a co za tym idzie kolejny enzym polimeraza DNA nie mógłby się połączyć z jednym z łańcuchów i rozpocząć dobudowywanie do niego łańcuca komplementarnego, ORAZ skutecznie przesuwać się wzdłuż DNA.

ENZYM PRZECINAJĄCY DNA:

A oto schemat działania tych 'naturalnych możyczek (jest ich wiele rodzajów)':

'Topoizomeraza I rozwiązuje problem naprężenia skręceniowego powstającego w trakcie rozplatania cząsteczki niemogącej się swobodnieobracać. Topoizomeraza odwracalnie
przecina wiązaniefosfodiestrowe jednej z niciDNA. Cała cząsteczka może swobodnie obracać się wokółwiązania obecnegona drugiej nici.'

ENZYM ROZPLATAJĄCY DNA:

'Aby mogła zajść replikacja, komplementarne nici muszą zostać rozdzielone. Proces ten wymaga dostarczenia energii. Pochodzi ona z hydrolizy ATP. Rozdzielanie jest katalizowane przez białko zwane helikazą DNA. Helikaza zwykle składa się z kilku ATP ADP Helikaza DNA ATP ADP identycznych podjednostektworzących pierścień obejmujący jedną z nici DNA. Enzym, hydrolizując ATP, porusza się wzdłuż nici rozsuwając komplementarne pasma.'

'Po rozdzieleniu komplementarnych pasm przez helikazę DNA powstają fragmenty jednoniciowego DNA wykazujące tendencję do tworzenia krótkich, dwuniciowych fragmentów o strukturze spinki do włosów. Stanowią one przeszkodę dla polimerazy. Problem likwiduje białko wiążące jednoniciowy DNA (ang. single strand binding protein -SSB), wiążące jednoniciowe fragmenty w sposób umożliwiający polimerazie synteząnowego łańcucha.'

POLIMERAZA DNA, KTÓRA DOBUDOWUJE ODPOWIEDNIE NUKLEOTYDY DO JEDNEGO Z ŁAŃCUCHÓW. MOŻE ONA PRZYŁĄCZYĆ SIĘ DO DNA DOPIERO PO JEGO ROZPLECIENIU:

'REPLIKACJA jest procesem niezwykle dokładnym a pojawiające się błędy mają poważne konsekwencje. Polimeraza DNA działa w dwóch trybach –polimeryzacji (P) i edycji (E). Jeślipolimeraza wprowadzi błędny nukleotyddo nowej nici, zmienia się jej kształt iwchodzi w tryb edycji. Staje się wtedy 3’-5’ egzonukleazą odcinając błędnie wprowadzony nykleotyd. Po usunięciu błędnego nukleotydupolimeraza wchodzi w tryb polimeryzacji i kontynuuje replikację DNA.

'Polimeraza DNA jest utrzymywana na matrycy przez ruchomą obręcz (ang. sliding clamp) – chroni to polimerazę przed Ruchoma obręcz Białka pomocnicze i ATP DNA łatwym odpadaniem od matrycy.'

[link widoczny dla zalogowanych]

OCZYWIŚCIE NIE KONIEC NA TYM, PONIEWAŻ NALEŻY JESZCZE POŁACZYĆ POPRZECINANE ŁAŃCUCHY DNA; CZYM ZAJMUJE SIĘ KOLEJNY ENZYM: LIGAZA:

BEZ WNIKANIA W DALSZĄ KOMPLIKACJĘ TEGO PROCESU ZAPREZĘTUJĘ NA KONIEC MODEL CALEGO KOMPLEKSU REPLIKACYJNEGO:

Wrócmy do omawiania techniki PCR i omówmy przebieg procesu.
Sam proces przypomina nieco eksperyment , który obecnie rozważam ('replikację' rybozymowa'): [za Wiki.] "Elongacja [POWIELANIE DNA-replikacja] – Na tym etapie zachodzi właściwa synteza DNA i tym samym amplifikacja pożądanego genu. Podwyższenie temperatury do około 72 °C powoduje utworzenie się na matrycy, z przyłączonymi do niej
starterami, kompleksu z polimerazą DNA, wskutek czego rozpoczyna się synteza nici komplementarnej do matrycy. Reakcja ta trwa zwykle 30 sekund.

Następnie cykl powtarza się i w kolejnym etapie annealingu i elongacji jako
matryca mogą służyć wszystkie zsyntetyzowane dotychczas cząsteczki genu. W ten sposób reakcja, dopóki substraty i enzym są w wystarczającej ilości, zachodzi coraz szybciej, powodując coraz większy przyrost kopii genu na etapie elongacji.

Gdyby wydajność metody była stuprocentowa, po n cyklach reakcji z jednej
cząsteczki można by uzyskać 2n cząsteczek. W praktyce wydajność procesu jest mniejsza, co nie zmienia faktu, że metoda PCR pozwala na geometryczne
zwielokrotnienie pożądanego łańcucha DNA. Konwencjonalna technika PCR pozwala na namnażanie łańcuchów DNA o maksymalnej długości ok. 10 kpz.".

Schemat procesu PCR

Bardzo ciekawy i pożyteczny eksperyment i pod pewnymi wzgledami podobny do rozważanego eksperymentu z 'ryboreplikatorami', które omawiam. 1) Matrycowa nić DNA. 2) w odpowiedniej temperaturze polimeraza się do niej przyłącza i przy wykorzystaniu wolnych nukleotydów; selekcjonuje je i dobudowuje odpowiednie pojedynczo do łańcucha matrycowego (tworząc na niej łańcuch komplementarny.). 3) po podwyższeniu temperatury zreplikowane łańcuchy się rozdzielają, po czy ponownie do nich przyłaczają sie polimerazy i dobudowują do nich nowe komplementarne łańcuchy. I tak długo można to prowadzić, poprzez
odpowiednią manipulację srodowiskiem , aż nie wyczerpią się substraty, czyli nukleotydy. Technika PCR jest najbardziej uproszczonym typem replikacji, identycznym jednak jak te w organizmach żywych, w dodatku przeprowadzanym poza środowiskiem komórkowym. Opisałem go dla jeszcze wiekszęgo zobrazowania róznic pomiędzy eksperymentem z 'rybozymami replikatorami' oraz prawdziwą replikacją DNA, jakie mają miejsce w analogicznych/sztucznych warunkach. Są to procesy tak odmienne i opierające się na tak róznych zasadach , że nie ma żadnej możliwości aby jeden mógł się wywodzić od drugiego. Nikt nigdzie nie pokazał jak złożone z dużych łancuchów rybozymy , które do własnego powielania potrzebują takich samych komplementarnych łańcuchów mogły przeewoluować w
enzym białkowy (lub nawet 'rybozymowy', choć to amożebne, żeby taki
rybozym-polimeraza mógł robić replikację na wzrór bardzo skutecznej polimerazy DNA, czy polimerazy RNA), który robi replikację na pojedynczym lańcuchu DNA (czy RNA), przy wykorzystaniu pojedynczych nukleotydów. INNYMI słowy: te eksperymenty w żaden sposób nie potwierdzają tezy , że życie i specyficzny dla niego typ replikacji mogły się rozwinąć w sposób SAMOistny. To co zaobserwowano podczas tych badań nie stanowi nawet karykatury (zakladanej) ewolucji życia!

Postulowane przez ateistów i mylące "podobieństwa" nie tkwią w samych
procesach dwóch rodzajów replikacji, które tutaj rozważalem , ale w
IDENTYCZNEJ nazwie, jaka nadano tym odrębnym procesom ("replikacja",
"replikatory", "coraz skuteczniejsze replikatory RNA"). Czyli znowu mamy do czynienia z nadużyciem: 1) polegającym na przypisaniu doswiadczeniu innej wymowy niż ono w rzeczywistości posiada. 2) wprowadzeniu w błąd poprzez używanie identycznego słownictwa na okreslenie dwóch róznych, niepowiązanych procesów. Czyli jak w przypadkach poprzednich np.: Jacka Szostaka i jego eksperymentów historia sie powtarza: "stary dobry numer z rękawicą".

A jak podsumowują efekty swoich badań sami badacze?:
"Początki (sztucznego) życia?" " 1) Według badaczy ich odkrycie pokazuje, jak mogły wyglądać mechanizmy, które zapoczątkowały życie. 2) Oczywiście nie sposób ustalić, jak faktycznie to wyglądało w złożonym chemicznie środowisku praoceanu – dlatego biolodzy poszukują odpowiedzi na powiązane z tym pytanie: jak stworzyć sztuczne życie w laboratorium? „Nie chcemy przewijać do tyłu taśmy, lecz to co odkryliśmy, może powiedzieć nam jak rozpocząć prace nad emergencją życia w warunkach laboratoryjnych” – stwierdziła Tracey.". Bardzo nieprecyzyjna wypowiedz. Laik może wyciagnąć z niej kilka wniosków na kilka sposobów. Np.: 1) "Według badaczy ich odkrycie pokazuje, jak mogły wyglądać mechanizmy,które zapoczątkowały życie. "-wypowiedz ta sugeruje , że tak mogły wygladać poczatki życia. Innymi słowy: "jestesmy bardzo blisko od
odkrycia planu , procesu , którego poszukiwały całe pokolenia fachowców" 2) "Oczywiście nie sposób ustalić, jak faktycznie to wyglądało w złożonym
chemicznie środowisku praoceanu ". Co ma sugerować , że róznice między
eksperymentem w laboratorium , który przeprowadzili badacze, aprawdziwym procesie abiogenezy , jaki zaszedł rzekomo miliady lat temu w praocenie tkwią tylko w szczegółach. NIC bardziej wprowadzajacego w świadomy bład! Bardzo to wszystko przebiegłe: wypowiedz miała oznajmiać: te eksperymenty dają nam tylko pewien ogólny pogląd na prawdziwe procesy związane z biogenezą,
oczywiście nie sposób ustalić jak FAKTYCZNIE to wyglądało miliardy lat temu. Tak zrozumiała wypowiedz pokazuje przybliżony status eksperymentu (choc i tak wyolbrzymiony) , jednak oryginalna forma tej wypowiedzi jest tak dwuznaczna i myląca, że laik może bardzo łatwo popaść w błąd niewłaściwego zrozumienia. Czyli znowu "stary numer z rękawicą".
Na koniec wywiadu po wszelkich krętactwach , z atakiem ad personam w stosunku do kreacjonistów kreacjonistów włacznie, jeden z badaczy zdobywasię wreszcie na chwile szczerości i tym samym potwierdza wnioski , które ja powyżej szeroko zilustrowałem. Oczywiście i na koniec nie odpuszczając sobie "odrobiny"

manipulacji:

1)"Czym jest życie zatem i kiedy badacze uznają, że mają do czynienia z żywą strukturą? Profesor Joyce stwierdził, że za żywy będzie mógł uznać dopiero taki system, który będzie posiadał możliwość samodzielnego wyewoluowania nowych funkcji. „Pukamy do tych drzwi – ale jeszcze tego nie osiągnęliśmy” – podsumował biolog. Wyjaśnił, że podjednostki użyte do samonapędzającej się replikacji wspomnianych enzymów RNA są złożonymiobiektami, składającymi się z wielu nukleotydów. ."

ad:1) Innymi słowy ryzobymowe replikatory, które utworzyli ci uczeni (mimo wczesniejszym zakamuflowanym deklaracjom) nie mają możliwości ewoluowania ku
bardziej złożonym systemom żywym , całkowicie autonomicznym , to znaczy ku takiemu rodzajowi zycia, jakie występuje na ziemi już od setek milionów lat.

"//*2) Tak złożonych obiektów nie można było spotkać w praoceanie. 3) Mimo to badania pokazują, że bazujące na RNA życie jest w zasadzie możliwe, co wyjątkowo uprawdopodabnia hipotezę Świata RNA. \\."

ad:2) Z tym wnioskiem się zgodzę.

ad:3) Z tym wnioskiem się nie zgodzę, ponieważ stoi on w sprzecznosci z
punktem nr.: 1. A podsumowanie polegające na stwierdzeniu , że owe
eksperymenty "uprawdapadabniają koncepcję 'Swiata RNA'" jest klasycznym
przypadkiem nielogicznego argumentu: "Non-support": Błąd ten powstaje zawsze
wtedy, gdy ktoś wyciąga jakiś wniosek na podstawie zbyt małej ilości
przesłanek lub na podstawie przesłanek, które są dobrane tendencyjnie.

Oczywiście opisane w tym opracowaniu problemy, jakie ateiści mają z czysto
naturalistyczym, przypadkowym wyjaśnieniem genezy życia, to tylko wierzchołek
góry ,która się pietrzy nad tymi wszystkimi zagadnieniami.

Zadajmy sobie pytanie: czy po odarciu tych wszystkich efektów opisanych
powyżej doświadczeń z zafałszowań i nadużyć nie dają nam one jakiejś korzyści?
Dają i to wielkie korzyści, korzyści cenne dla każdego człowieka , który
miłuje prawdę naukową i uczciwość: J.D.Bernal w książce "The Origin of Life" bardzo trafnie podsumował korzyści jakie mozemy odnieść w efekcie tych wszystkich doświadczeń i niejako zarazem odpowiednio podsumował moje rozważania. Słowa Bernala sa aktualne po dziś dzień:

[link widoczny dla zalogowanych]

John Desmond Bernal
" Gdyby do tego zagadnienia (samoistnego powstania życia) ściśle zastosować reguły metody naukowej, w kilku miejscach tej historii można byłoby w gruncie rzeczy wykazać, jak życie powstać nie mogło — nieprawdopodobieństwo było zbyt wielkie, szansę pojawienia się życia zbyt nikłe. To niestety prawda, ale przecież życie na Ziemi istnieje w całym swym bogactwie form i przejawów aktywności, toteż trzeba nagiąć argumentację, by poprzeć jego istnienie (a teraz bardziej przejrzyście to ujmując : "Z naukowego punktu widzenia poprawna jest teza, że życie nie mogło się pojawić samo z siebie. Ale samoistne powstanie życia jest jedyną możliwością, którą bierzemy pod uwagę. Musimy więc tak nagiąć argumentację, by poprzeć tę hipotezę”.).

Awięc ludzka naturalna intuicja, intuicja w której stłumienie ateistyczni
ewolucjoniści tak skutecznie od lat się angażują, wiedzie nas w dobrym
kierunku, to znaczy, kiedy dochodzimy do logicznego wniosku , że każdy projekt wymaga projektanta. I nie chodzi tutaj tylko o twory nieożywione ,takie jak np.: maszynki do mięsa, miksery, czy komputery. Ale też o owiele bardziej złożone i przemyślne wytwory ożywione:

„Kto nie uważa za konieczne szukać wyjaśnienia jedynie wśród nierozumnych czynników sprawczych, łatwo dojdzie do wniosku, że wiele systemów biochemicznych zostało zaprojektowanych — zaprojektowanych nie przez prawa natury, nie przez przypadek i konieczność, lecz zaplanowanych. (…) Życie na ziemi na swym najbardziej podstawowym poziomie, wszystkie jegonajważniejsze elementy, to wynik rozumnej działalności”-Michael J.Behe .

Czym wogóle jest teoria naukowa? Czy używanie wobec postulowanych koncepcji pochodzenia zycia terminu "teorie naukowe" nie jest poważnym nadużyciem? Jest: jest dla każdego człowieka ,który rozumie znaczenie pojęcia: "teoria naukowa". Teoria naukowa jest to zbiór racjonalnie uzasadnionych logicznie spójnych i EMPIRYCZNIE TESTOWALNYCH sadów o pewnym fragmencie świata. W tym sensie żadne abiogenetyczne pomysły nie stanowia teorii naukowych , gdyż wskazują one sposób wyjaśniania zjawisk dotyczących ewolucji chemicznej, a nie dostarczają
precyzyjnych modeli teoretycznych postulowanych zjawisk związanych z tym zagadnieniem i nie wyznaczją zakresu ich stosowalności. Na koniec poruszę ostatni alogizm , na którym opiera się ateistycznapropagandapseudonaukowa. Omówię ją w nawiązaniu do opisanej przeze mnie
historii pogladów na abiogenezę, która obfitowała w obstawanie całymi latami przy jawnie fałszywych i dawno sfalsyfikowanych twierdzeniach, tylko dlatego , że nie było zadnej innej możliwej do przyjęcia przez ateistów, tzn, żadnej hipotezy alternatywnej wyjasniającej pochodzenie życia. Czy takie postępowanie jest uzasadnione? Czy można usprawiedliwiaćobstawanie przy fałszu i obronie tego fałszu w imie nauki, poprzez tłumienie rzetelnej naukowej krytyki? Jest to działanie świadomie i z użyciem tyranii autorytetu , która skutecznie zastarsza. Jest to działanie paranaukowe, które charakteryzuje się wynaturzeniem i świadomym lekceważeniem praw blizniego i jego wolności do wyboru światopoglądu. Jest to gwałt zadany ludzkiemu umysłowi i ludzkiej godności, oraz samej nauce , ktorej misja miała polegać na poszukiwaniu prawdy, jak to powiedział Antony Flew : podążaniu za faktami dokadkolwiek by one wiodły....

[link widoczny dla zalogowanych]
Antony Flew.
'Profesor Antony Flew, rocznik 1923, brytyjski filozof, od kilkudziesięciu lat był znany jako legendarny propagator ateizmu, główne ogniwo w ateistycznym łańcuchu łaczące Bertranda Russella z Richardem Dawkinsem. Przez 65 lat swojej pracy naukowej udowadniał w licznych publikacjach, wywiadach i debatach, że istnieniu Boga zaprzecza wszechobecne zło, a wszelkie próby naukowego dowodzenia Jego istnienia są pozbawione najmniejszego sensu. Jednak przez te lata najwyraźniej nie zatracił bardzo cennej cechy – „uczciwości intelektualnej”. Dlatego, ku zaskoczeniu środowisk ateistycznych, w roku 2004 ogłosił, że zrewidował swe poglądy na istnienie Kogoś Większego.Swój nowy pogląd 81-letni wówczas Flew przedstawił światu w wywiadzie udzielonym czasopismu „Philiosophia Christi” (nr zima 2005). Ów słynny wywiad zatytułowany Moja pielgrzymka od ateizmu do teizmu przeprowadził Gary H. Habermas...'

[link widoczny dla zalogowanych]

Monitor.